Na terenie nadleśnictwa znajduje się 18 użytków ekologicznych. 

Użytki utworzone na mocy Zarządzenia Wojewody Pomorskiego Nr 163/99 z dnia 16 listopada 1999r.:
1.    Helskie Wydmy. Przedmiotem ochrony są wydmy białe i szare wraz z typowymi zespołam. Pow. wynosi    67,08 ha.
2.    Jezioro Witalicz. Przedmiotem ochrony jest płytkie jezioro eutroficzne z szuwarem turzycowym, skrzypowym  i ponikłowym. Pow. wynosi 8,51 ha.     
3.    Świecińska Topiel. Przedmiotem ochrony jest komnpleks szuwarów turzycowych i stadiów rozwojowych olsów. Powierzchnia wynosi 1,25 ha.    
4.    Łuczywne Błoto. Przedmiotem ochrony jest torfowisko przejściowe, mszar torfowiskowy z rzadkimi i chronionymi gatunkami roślin. Powierzchnia wynosi 3,62 ha.    
5.    Księża Łąka. Przedmiotem ochrony jest kompleks wilgotnych łąk i torfowisk przejściowych. Powierzchnia wynosi 3,80 ha.        
6.    Porąbski Moczar. Przedmiotem ochrony jest torfowisko przejściowe. Powierzchnia wynosi 1,19 ha.
7.    Lisewskie Łąki . Przedmiotem ochrony są wilgotne łąki i szuwary turzycowe. Powierzchnia wynosi 2,46 ha.    
8.    Głuszewskie Moczary. Przedmiotem ochrony są torfowiska przejściowe, stanowiska rzadkich i chronionych roślin. Powierzchnia wynosi 3,22 ha.    
9.    Mechowska Łąka. Przedmiotem ochrony jest wilgotna łąka ostrożeniowo-rdestowa i ziołorośla. Powierzchnia wynosi 3,85 ha.    
10.    Darżlubskie Źródliska. Przedmiotem ochrony są zbiorowiska żródliskowe , szuwary turzycowe i wilgotne. Powierzchnia wynosi 1,20 ha.    
11.    Muzowa Łąka. Przedmiotem ochrony są wilgotnte i mokre łąki z rzadkimi i chronionymi gatunkami roślin. Powierzchnia wynosi 0,67 ha.    

Użytki utworzone na mocy Zarządzenia Wojewody Pomorskiego Nr 183/2000 z dnia 28  listopada 2000r.:
12.    Kępiński Moczar. Przedmiotem ochrony jest torfowisko przejściowe. Powierzchnia wynosi 2,16 ha.     
13.    Pryśniewska Łąka. Przedmiotem ochrony jest torfowisko przejściowe i łąki nawapienne. Powierzchnia wynosi 3,64 ha.    
14.    Migowa łąka. Przedmiotem ochrony jest śródleśna łąka. Powierzchnia wynosi 7,06 ha     
15.    Nanicka łąka. Przedmiotem ochrony jest    łąka ziołoroślowa. Powierzchnia wynosi 4,60 ha.     
16.    Nanicki Szuwar. Przedmiotem ochrony jest łąka ziołoroślowa. Powierzchnia wynosi 1,41 ha.     
17.    Piaśnickie Oparzelisko. Przedmiotem ochrony jest łąka ziołoroślowa. Powierzchnia wynosi 1,17 ha.     

Użytek powołany Uchwałą Rady Gminy Wejherowo Nr XVI/190/2012 z dn. 21 marca 2012r.
18.    Migowe Wzgórze. Przedmiotem ochrony jest zachowanie rzadkich, kalcyfilnych gatunków roślin. Powierzchnia wynosi 0,75ha .    
        
Łącznie użytki ekologiczne w Nadleśnictwie Wejherowo zajmują powierzchnię 117,64 ha.